Jeszcze do niedawna kościół znajdował się w stanie zrujnowania zniszczeniami wojennymi. Został jednak szczęśliwie odnowiony wysiłkiem instytucji Nadbałtyckiego Centrum Kultury, która przywróciła mu jego dawną świetność. Kościół został wybudowany w XIV wieku jako świątynia farna nowej dzielnicy Gdańska o nazwie „Nowe Miasto”, która rozciągało się od ul. Szerokiej do Podwala Staromiejskiego. Z czasem dzielnica zaczęła być nazywana od patrona kościoła „Dzielnicą Świętojańską”. Życie dzielnicy rozgrywało się głównie na jej rynku, nazwanym Targiem Rybnym, oraz w kościele farnym, który integrował społecznie i kulturalnie mieszkańców. To przy kościele św. Jana postała w XVII wieku słynna biblioteka Zachariasza Zappio, jednego z ważniejszych fundatorów świątyni. Biblioteka stała się miejscem, gdzie przechowywano wiele cennych manuskryptów i inkunabułów. Ów zabytkowy księgozbiór, mimo zawieruchy ostatniej wojny, zdołał w większym stopniu szczęśliwie przetrwać do naszych czasów i przechowywany jest obecnie w gdańskiej bibliotece Polskiej Akademii Nauk. Natomiast imieniem założyciela biblioteki, Zachariasza Zappio, nazwano malowniczy zaułek biegnący między kamienicami ul. Straganiarskiej i Warzywniczej a murami kościoła św. Jana.

Kościół św. Jana jest jedną z najciekawszych historycznych świątyń i bardzo klimatycznym miejscem. Z całą pewnością warto go zobaczyć będąc w Gdańsku a może także udać się na jeden z odbywających się tam koncertów.