Noch bis vor kurzem war die Kirche eine Kriegsruine. Sie wurde jedoch dank des Einsatzes des Ostsee-Kulturzentrums restauriert, wodurch sie ihren einstigen Glanz wiedererhielt. Das Gotteshaus wurde im 14. Jahrhundert als Pfarrkirche für die neu errichtete Danziger „Neue Stadt“ gebaut, die sich von der Szeroka-Straße bis zum Altstädtischen Graben erstreckte. Mit der Zeit wurde das Viertel nach dem Patron der Kirche auch „Johannisviertel“ (poln. Dzielnica Świętojańska) genannt. Das Leben im Stadtteil spielte sich vor allem auf dem als Fischmarkt bezeichneten Marktplatz sowie in der Pfarrkirche ab, die die Einwohner gesellschaftlich und kulturell vereinte. Bei der Johanniskirche wurde im 17. Jahrhundert die berühmte Bibliothek von Zacharias Zappio angelegt, der einer der wichtigeren Stifter des Gotteshauses war. In der Bibliothek wurden zahlreiche wertvolle Manuskripte und Inkunabeln aufbewahrt. Die historische Sammlung konnte trotz der Wirren des letzten Kriegs zum Großteil gerettet werden und wird heute in der Danziger Bibliothek der polnischen Akademie der Wissenschaften aufbewahrt. Nach dem Gründer der Bibliothek Zacharias Zappio hingegen wurde eine malerische Gasse zwischen den Bürgerhäusern in den Straßen Straganiarska und Warzywnicza sowie der Johanniskirche benannt.

Die Johanniskirche ist eines der sehenswertesten historischen Gotteshäuser und ein sehr stimmungsvoller Ort. Mit Sicherheit lohnt sich ein Besuch, wenn Sie in Danzig sind. Ebenfalls empfehlenswert sind die dort veranstalteten Konzerte.